Na území Slovenska dunajská cyklostezka přichází hraničním přechodem Berg - Bratislava. Vede po hrázi Dunaje přes Petržalku. Za Bratislavou najdete hlavně bruslaře, povrch hráze je totiž až po Gabčíkovo asfaltový. Dunaj se zde významně rozšiřuje díky Hrušovské zdrži, součásti vodního díla Gabčíkovo. Z Bratislavy po pravé straně řeky prochází trasa městskou částí Čunovo, a to vedle areálu vodních sportů. Po levém břehu se po překročení Dunaje přes most Apollo nebo Přístavný most s nádhernými výhledy na město pokračuje přes Přístav a Loděnici do Hamuliakova a Gabčíkova.